Sinh viên tốt nghiệp ngành Khoa học Môi trường và Kỹ thuật Môi trường có thể thi vào cao học các chuyên ngành: Khoa học Môi trường, Quản lý Tài nguyên và Môi trường (2 chuyên ngành này đang đào tạo ở trường ĐH Khoa học Huế), Kỹ thuật Môi trường, Hóa Môi trường, Địa lý Tài nguyên và Môi trường, Quản lý Biển đảo và đới bờ,… Ngoài ra, cơ hội theo học các chương trình cao học nước ngoài về môi trường rất rộng mở, hầu hết các chương trình học bổng cao học đều có các ngành học liên quan đến môi trường.